Οι Συλλογές του Μουσείου Τα αντικείμενα του Μουσείου ξεπερνούν τις 30.000 και είναι οργανωμένα θεματικά κατά συλλογές (εικόνες, τοιχογραφίες, χειρόγραφα, αντικείμενα από χαρτί, γλυπτά, έργα μικροτεχνίας, κεραμικά, υφάσματα, πίνακες, ψηφιδωτά, αντίγραφα, Συλλογή Λοβέρδου, Συλλογές Ιδρύματος Πασσά), καταγεγραμμένα και ψηφιοποιημένα με ηλεκτρονικά συστήματα τεκμηρίωσης και αποθηκευμένα σε σύγχρονες αρχαιολογικές αποθήκες. Χρονολογούνται από τον 3ο αιώνα μ.Χ. έως τον 20ό αιώνα.