Έργο κεφαλαιώδους σημασίας, η "Γενεαλογία της ηθικής" (1887) γράφτηκε δύο χρόνια μετά το Έτσι μίλησε ο Ζαρατούστρα και απέβλεπε να ρίξει περισσότερο φως στις ιδέες που εκφράζονταν στο δημοσιευμένο πριν ένα χρόνο Πέρα από το καλό και το κακό. Στο "Ecce Homo" ο ίδιος ο Νίτσε συνοψίζει με εξαίρετο τρόπο το περιεχόμενό του: "Οι τρεις πραγματείες που αποτελούν τη "Γενεαλογία της ηθικής" είναι ίσως το πιο αλλόκοτο πράγμα που γράφτηκε μέχρι σήμερα... Η αλήθεια της πρώτης πραγματείας είναι η ψυχολογία του χριστιανισμού: η γέννηση του χριστιανισμού από το πνεύμα της μνησικακίας, όχι από το "πνεύμα", όπως πιστεύει ο κόσμος· ο χριστιανισμός είναι ένα αντικίνημα λόγω της ίδιας του της φύσης, η μεγάλη εξέγερση εναντίον της κυριαρχίας των ευγενών αξιών. Η δεύτερη πραγματεία δίνει την ψυχολογία της ηθικής συνείδησης - που δεν είναι, όπως πιστεύει ο κόσμος, "η φωνή του Θεού μέσα στην άνθρωπο": είναι το ένστικτο της σκληρότητας που στρέφεται εναντίον του εαυτού του, όταν δεν μπορεί πια να εκφορτιστεί προς τα έξω... Η τρίτη πραγματεία δίνει την απάντηση στο ερώτημα του πού οφείλεται η τεράστια δύναμη του ασκητικού ιδεώδους, του ιδεώδους των κληρικών, παρά το ότι είναι το κατ' εξοχήν επιβλαβές ιδεώδες, μια θέληση για τέλος, ένα ιδεώδες της παρακμής".